前作《猎天使魔女》结束后的几个月后，天界军团突袭了安柏拉魔女（Umbra Witch）贝优妮塔（Bayonetta）身处的城市，贝优妮塔与魔女伙伴贞德（Jeanne）参战，但其召唤出的一只地狱魔兽不受控制，贞德为拯救贝优妮塔而导致灵魂被击离肉身继以被拉往地狱。同时一名蒙面流明贤者（Lumen Sage）被一名身份不明的“预言家”（Prophet）带往现世和保证能获得复仇的机会。
为拯救贞德灵魂，贝优妮塔踏上新的冒险旅途，打算通过位于神圣之山（FimbulveⓃTR
）之地狱之门前往地狱界。贝优妮塔于山脚遇上一名失去记忆且拥有神秘力量的少年洛基（Loki），他唯一知道的只有自己必须前往神圣之山，二人达成协议结伴同行，除来自天堂军团与地狱魔兽的攻击，还须面对蒙面流明贤者和预言者的追击。预言者不但认识洛基，也表示五百年前的猎巫行动并非由贝优妮塔之父巴尔德（Balder）策划。
贝优妮塔到达地狱界后救出贞德之灵魂让她回归肉身，不久蒙面流明贤者再次现身攻击洛基攻击并揭露真实身份：年轻的巴尔德。在巴尔德与贝优妮塔战斗期间，洛基力量失控并将二人送回五百年前、猎巫行动正在进行的欧洲城镇维格德（Vigrid）。贝优妮塔遇见魔女母亲萝刹（Rosa）并与她一同迎战天堂军团，二人分离后贝优妮塔遇上与洛基长相相同、将来成为预言家的少年洛佩特（Loptr）。洛佩特解释洛基逃往未来并失去记忆，亦称两颗分别由贝优妮塔与巴尔德持有的宝石“世界之眼”（Eyes of the World）乃他所有。在看见洛佩特杀害了萝刹后，贝优妮塔终于明白巴尔德的复仇目标应是洛佩特而非洛基，巴尔德获悉后决定与贝优妮塔回到现世联手对付洛佩特。
在贞德协助下，贝优妮塔与巴尔德到达神圣之山顶端，发现洛佩特已捕获了洛基：洛基与洛佩特本为管理人间界兼创造了世界之眼的“混沌之神”（God of Chaos）艾萨（Aesir），为创造两眼而把其力量分作两半，同时也把自身灵魂一分为二，成为善良的洛基和邪恶的洛佩特。由于控制两眼之力量为洛基拥有，洛佩特因此欲夺取该力量据为己有。洛佩特先后夺回巴尔德和贝优妮塔持有的两眼并回复艾萨本体与二人展开战斗，洛基也因恢复记忆而了解艾萨的真正力量：使包括两眼在内的一切从世界上消失。洛基令两眼消失使艾萨失去大部分力量，贝优妮塔和巴尔德借此击败艾萨将其肉身击离灵魂，失去肉身之艾萨打算逃回过去时空但被巴尔德封印进其体内。在返回过去前，巴尔德与贝优妮塔父女相认并恳请她能在他失控时加以阻止；洛基在与贝优妮塔道别后消失。
一切结束后数天，贝优妮塔和贞德回复正常生活并继续猎杀天使；被邪恶灵魂控制的巴尔德开始进行统一天界、人界和地狱界的计划，《猎天使魔女》事件由此展开。
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